本试剂盒包含常规非交联细胞CUT&Tag及甲醛交联细胞fcCUT&Tag实验中所需的各种缓冲液、ConA磁珠、DNA纯化磁珠、引物等全套建库试剂，可以用于组蛋白修饰和转录因子的染色质结合状态研究。与传统的CUT&Tag试剂盒相比，该试剂盒既可以对自然状态的细胞进行蛋白质-DNA互作研究，也可以对高浓度甲醛交联的细胞进行蛋白质-DNA互作研究，一盒两用。
试剂盒包含CUT&Tag实验中孵育抗体、转座体、构建文库的相关试剂，可以用于组蛋白修饰和转录因子的染色质结合状态研究。本试剂盒包含高活性的ChipTag pAG-Tn5，相较于最初版本的pA-Tn5转座酶，pAG结构域对兔、鼠等多种来源抗体具有广谱的强亲和性，在实验抗体的选择上具有更大的空间。
针对CUT&Tag打断产物DNA提取过程中小片段丢失的问题，本试剂盒提供优化的Tagment DNA Extract Beads，相较于常规的片段分选磁珠可以完整的回收CUT&Tag产物中的小片段DNA，大大简化了酚氯仿-乙醇沉淀法的繁琐操作。此外，本试剂盒还提供了阳性抗体H3K4me3（兔抗）以及相应的二抗（羊抗兔IgG)，用于阳性对照实验（仅24T规格提供阳性抗体）。
Cleavage Under Target & Tagmentation (CUT&Tag)是一种新兴的DNA-蛋白质互作研究方法。CUT&Tag以融合了protein A/G的Tn5转座酶为核心，融合蛋白通过protein A/G与抗体结合，使得Tn5被栓系在靶位点周围，从而在目的位点附近进行酶切反应，并同时引入二代测序所必需的接头序列，产物DNA经过后续提取与PCR扩增后，得到直接用于测序的文库。CUT&Tag与传统的ChIP-Seq技术相比较，实验不需要超声打断，也不需要传统的连接法添加测序接头，操作简单、周期短、信噪比高、重复性好、细胞用量少，为极低起始细胞量和单细胞测序研究提供了可能性。
自2019年CUT&Tag技术诞生以来，经过大量的实践，发现该技术在组蛋白修饰及部分转录因子与DNA互作研究中可以获得高信噪比的结果，但是针对一些与DNA结合力较弱或者结合具有高度动态性的DNA结合蛋白，较难得到理想的实验结果。针对此问题，我司推出了可对细胞进行高浓度甲醛交联的CUT&Tag实验流程。为转录因子-DNA互作研究提供一种新的思路，这种需要甲醛交联的CUT&Tag实验被称为fcCUT&Tag（formaldehyde crosslinking CUT&Tag）。
DNA－蛋白质互作研究。在常见的哺乳动物细胞上用于替代传统的ChIP-Seq技术，特别适用于细胞数量较少的样本，也可应用于经过处理的植物和酵母样本上。
| 包装 | 保存 | 组分 | 12T | 24T | 说明 |
| A盒 | -20℃，6个月； -70℃，两年 | 3×PBS | 0.5mL | 1mL | ① |
| 10×Glycine | 150μL | 300μL | |||
| 细胞膜渗透缓冲液(CMPB) | 1.3mL | 1.3mL×2 | |||
| 10×Dilution Buffer | 1.3mL | 1.3mL×2 | |||
| ChipTag pAG-Transposome | 12μL | 24μL | |||
| 5% Digitonin | 125μL | 250μL | ② | ||
| 10×ConA Binding Buffer | 400μL | 800μL | |||
| 25×pAb Mix | 40μL | 80μL | |||
| 10×Wash Buffer(-) | 1mL×2 | 1mL×4 | ③ | ||
| 10×ChipTag Buffer(-) | 1mL | 1mL×2 | |||
| MgCl2 | 20μL | 40μL | |||
| Stop Buffer | 80μL | 160μL | |||
| Proteinase K | 12μL | 24μL | |||
| Elution Buffer | 1mL | 1mL×2 | |||
| 2×HiFi AmpliMix | 600μL | 1.2mL | |||
| λ DNA片段(1pg/μL) | 12μL | 24μL | |||
| ChipTag H3K4me3 Positive Control | 5μL | ⑤ | |||
| ChipTag Goat anti-Rabbit IgG antibody | 10μL | ||||
| B盒 (引物) | -20～-70℃ | 10μM i5 Primers | 30μL×4 | 30μL×4 | ⑤ |
| 10μM i7 Primers | 20μL×6 | 20μL×6 | |||
| C盒 (磁珠) | 4℃，避免冷冻 | BalbNGS ConA Beads | 150μL | 300μL | |
| Tagment DNA Extract Beads | 2mL | 4mL | |||
| BalbNGS DNA Clean Beads | 1mL | 1.8mL |
① 用于FcCUT&Tag流程中甲醛教练细胞的处理，常规的非交联细胞CUT&Tag无需使用。
② Digitonin具有中度毒性，避免直接接触皮肤；融化后室温可存放一周，实验过程可室温存放，冰浴或4℃会使其凝固
③ 需要在使用前按照“试剂配制”部分添加其他成分。
④ 适用物种：Human，Mouse，Budding Yeast，Wide Range Predicted。
⑤ Index引物详细信息及选择参见附录2、附录3
以下自备试剂用量以12T规格为例
蛋白酶抑制剂混合物(不含EDTA) 1片
无水乙醇30mL
灭菌超纯水120mL
一抗、甲醛
二抗：山羊抗兔IgG(H&L)，山羊抗小鼠IgG(H&L)
细胞计数相关仪器
小型台式离心机、冷冻离心机
磁力架
涡旋振荡器
旋转混合仪、可控温摇床、水浴锅
移液器
低吸附EP管(0.2mL/1.5mL)、离心管(10mL/50mL)
Qubit荧光计
安捷伦2100
图1．DNA-Target Protein-Antibody-ChipTag结合示意图
图2．CUT&Tag实验流程简图
细胞被固定在刀豆蛋白磁珠(ConA磁珠）表面，然后加入洋地黄皂苷(Digitonin)透化细胞膜，依次进行一抗、二抗、转座体的孵育及片段化，反应产物经过DNA提取、PCR富集完成二代测序文库的构建。对于人源细胞常规的组蛋白修饰，仅需进行3-5M reads的测序量就能得到高分辨率的全基因组图谱。
相关搜索：CUT&Tag试剂盒，CUT&Tag，Illumina，ConA磁珠，DNA纯化磁珠，甲醛交联细胞